相传宋时，福建省兴化府莆田县湄州岛东螺村，渔民林愿之六女默娘，秉性娴淑，事亲至孝。某日父出海捕鱼，不幸遇风罹难，默娘痛不欲生，乃投海寻父，卒负父尸漂流至南竿岛。乡人感其孝行，厚葬立庙祭祀，尊称为妈祖，并以其名作为列岛总名以示纪念。至于「妈祖」如何变成「马祖」，普遍则有两种说法：一说是为避妈祖名讳，乃改为「马祖」；另一说则是1949年军管时期，军方认为「妈祖」无法突显出战地前线精神，故去「女」字边，增加刚猛之气。

马祖天后宫位于马祖村，是岛上妈祖的信仰中心，信仰者众，香火鼎盛。

南竿马祖村居民口耳相传，当妈祖之父遭逢船难，她便投海救父，却不幸遭恶浪吞噬，尸身漂至村内澳口，后经居民发现后拾起安葬，民众为感其孝心，以雕刻凤纹的石棺厚葬。妈祖生前为善人间，又得地灵之利，于9月初9在此羽化升天。明朝时，妈祖受封为天妃，清康熙时晋封为天后，也就是天上圣母的别称，因此供奉妈祖的庙，便命名为天后宫。

早年庙貌陈旧，1943年和平救国军司令张逸舟曾督饬重建，后又经多次整修，现为宫殿式建筑，整体庄严，并且结合两岸三地工匠共同完成，雕梁画栋、精致堂皇。庙方曾举办全连江县无数场大型信仰文化活动，并经常与两岸三地各天后宫往来会香，是马祖香火最旺的庙宇。每年妈祖农历生日时，都会举办盛大的庆祝及绕境活动，当晚灯火通明，鞭炮声不绝于耳，庙会气氛浓厚。

2009年3月，马祖籍画家及登山家李小石，带着妈祖金身爬上喜马拉雅山，让祂成为第一尊登上圣母峰的神明。该金身现在正供奉在马祖天后宫，供信众参拜。

甫于2009年10月完工的妈祖巨神像，高度28.8公尺，是全世界最高的一座妈祖神像。近年来，「妈祖在马祖」是马祖主要的营销口号，而妈祖巨神像的兴建，更代表马祖人民对于妈祖信仰的虔诚，这座神像从提案到正式落成，花了10年以上的时间，可见马祖居民的决心。

巨神像周边，陈列由12幅雕塑组成，述说妈祖得道成仙的故事。值得一提的是，当地居民勘查神像周边地形时，意外发现位于巨神像正下方的门前山坑道，也成为当地居民津津乐道的逸事。

马祖的开发起始于元朝，当时与大陆福州沿海往来密切，大约明清之时曾有倭寇盘据，明末清初开始有福州沿海渔民移居常住，并依地缘、血缘关系自成村落，现有居民共有89姓，以陈、林、曹、王、刘姓人口最多。这里也是全台湾地区唯一以福州话为主要语言的县市，当地人多称为「平话」或「马祖话」。（来源：马祖国家风景区网 2011/11/9）