1941年年底，于右任责成刘延涛主编之《草书月刊》创刊。次年（1942）春天，于右任增订刊布《标准草书千字文》，分上、下两卷，上卷为《草圣千文》，选出历代草书千字，慎为摹形，并说明出处；下卷为《标准草书释例》，将古今草书之变化举例以释，并标举符号分制表志。1943年3月15日，于右任在重庆各报发表《太平海》一文，主张取消“日本海”，改名“太平海”，自此即号“太平老人”。

1945年，国共两党于重庆谈判，毛泽东自延安飞抵重庆，于右任亲至机场迎接，于监察院设宴洗尘，随后于家中宴请毛泽东并讨论诗文，相谈甚欢。1948年4月19日，于右任与孙科、程潜、李宗仁、莫德惠、徐傅霖同为副总统候选人，于右任获得493票，居第四位。

1949年，于右任于10月29日飞抵台北。1951年2月，因脑部为血管阻塞而卧床40日治疗，遵医嘱戒烟。1953年6月《标准草书》第八次修正本由中央文物供应社印行，于右任与社方约定不收版税，但定价须低，以达普及之效。1956年，于右任78岁，获颁教育部文艺奬，于右任自喻为“老树着花”。

1957年春，于右任得见民国元年旧照，感触良多，题下名诗：“不信青春唤不回，不容青史尽成灰。低回海上成功宴，万里江山酒一杯。”并自注：“民元，总理辞临时大总统后，宴客于上海爱俪园，摄影留念。参加者有唐绍仪、陈其美、熊希龄、黄郛、胡汉民、程德全、谭人凤、蔡元培、张謇、汪精卫、曹埃布尔、禇辅成、林长民、马君武等三十四人，现仅存余一人，余皆凋谢，抚今追昔，赋此志慨。”

1959年5月，于右任《手临标准草书》出版，为手临之第三本，第一、二本分别为墨本及双钩，皆于抗战时期印于重庆。1962年1月12日，于右任于日记中写道：“我百年后，愿葬于玉山或阿里山树木多的高处，可以时时望大陆。”1月22日又记：“葬我于台北近处高山之上亦可，但山要最高者。”1月24日，于右任在日记中写下了千古遗唱“望故乡”。

4月11日，于右任84岁生日，有关部门专为此发行了纪念邮票。1964年7月，于右任因感冒引起并发症，8月12日，蒋经国亲来探视，促请入荣民总医院治疗，但因一生辛劳为国，鞠躬尽瘁，缠绵病榻近三个月，终于11月10日下午8时零8分病逝，享寿86岁。于右任一生致力于革命60余载，历任党政军要职亦逾50年，但平生坚不置产，当弥留之际，亲友僚属及其长子于望德一同开启于右任自用保险柜示于众人面前，只见多为生前日记书法及为三子于中令筹措出国经费之借据，一生清廉至此，令人肃然起敬。（原载：典藏/笔精墨妙‧气雅韵深-渡海来台系列二）