于右任抵上海后，得马相伯之助入震旦公学，以“刘学裕”之名入学，并加入光复会。1905年，震旦公学学潮，学生筹备新校，于右任被推为五位干事之一，8月新校筹备完成，于右任取《尚书•大传•虞夏传》之句：“日月光华，旦复旦兮”中“复旦”二字，定名为“复旦公学”（今复旦大学前身），以示不忘震旦及复兴中华之意。1906年于右任赴日，11月13日见孙逸仙于东京加入同盟会。

1907年2月20日，于右任在上海创办《神州日报》；1909年3月26日，又创《民呼日报》，因抨击官府被陷入狱，于7月12日在中外舆论呼吁下获释。于右任屡仆屡起，8月20日再创办第三份报纸《民吁日报》，旋因揭发日本暴行而遭查封，并再度入狱。1910年9月9日，于右任又创《民立报》，成为当时革命精英凝聚之处。

1911年10月10日武昌起义成功，11月6日孙逸仙归国抵沪，首访于右任于民立报社，并亲书中英文赠词“戮力同志”及“Unity”。1912年元旦，南京临时政府成立，孙逸仙就职临时大总统，《民立报》同仁几为延揽一空，于右任，也出任交通部次长。此年，于右任开始蓄须。

1918年8月9日，于右任正式就任陜西靖国军总司令，主持西北革命大计。1922年5月底，于右任于凤翔解散靖国军，10月23日出任上海大学校长。1923年2月21日，孙逸仙返广州设大元帅府，陈炯明叛变，于右任召旧部豫军樊钟秀率军解围，大败陈军。1928年3月，“审计院组织法”公布，于右任兼任审计院院长，为中国审计制度奠基。1931年2月2日，就任监察院长。1932年，于上海创办“标准草书社”，刘延涛、周伯敏、胡公石等参与其事，此后公余即致力于标准草书的编研；1936年，《标准草书》首印本问世，由上海汉文正楷印书局印行。1938年1月18日，《新华日报》创刊，报名即为于右任所书。

1941年中秋，于右任与甘宁青监察使高一涵等一行抵敦煌莫高窟，与正在敦煌临摹研究的张大千相晤，经张大千详细讲解敦煌壁画之重要，于右任便提出建立“敦煌艺术学院”的构想。10月下旬于右任回到兰州后除向甘肃政府要员阐述敦煌艺术之重要外，并向新闻界公开倡议速建敦煌艺术学院，经中央社播发，各报都刊登了这项讯息，引起社会广大回响。

12月上旬，于右任在西安发表同样的谈话，并召集画家王子云等以官方名义组织“西北文物考察团”，与张大千一起研究。12月14日，于右任一回重庆即向国民政府正式提案设立敦煌艺术学院，即交教育部负责筹办；年底，西北文物考察团组成，由王子云任团长，共有历史、考古、美术专家十余人赴敦煌考察。（原载：典藏/笔精墨妙‧气雅韵深-渡海来台系列二）