1913年春，在袁世凯的唆使下，国民党重要领导人宋教仁在上海火车站惨遭刺杀。吴稚晖愤然离开北京回到上海，与蔡元培创办《公论报》，撰文猛烈抨击袁世凯倒行逆施妄想复辟的劣迹，号召全国支持孙中山的讨袁运动。

1915年1月法国报纸披露袁世凯与日本谈判签订《二十一条》丧权辱国的内容后，吴稚晖与蔡元培在函件来往中揭露袁世凯的卖国行径。令人发噱的是，袁世凯想利用吴稚晖的声望为自己涂脂抹粉，欲授勋位于吴稚晖。大义凛然的吴稚晖立即写信回绝：，其中有言："切盼公等宝贵精神，专注于国难勿更以揶揄为消闲，侮辱书生。公民吴敬恒敬上"。吴稚晖不畏权势，不屑名利的高风亮节，一时传为佳话。

1922年,孙中山组织第二次护法运动，广东陈炯明却策动叛变，孙中山被迫逃到永丰舰，后返回上海。吴稚晖得知这一消息，马上从法国赶回国，奔走于京、沪、澳之间，当面规劝陈炯明悬崖勒马停止叛乱，陈炯明拒绝了吴稚晖的规劝，但吴稚晖的爱国热忱和敢于深入虎穴的勇气令人钦佩。

1925年3月12日，孙中山逝世。据民国以来史书的记载，《总理遗嘱》是汪精卫起草的。其实真正的起草者是吴稚晖，汪精卫只不过是念了那份遗嘱的草稿。民国要人张继在回忆录中说："总理临危时，于右任以为万一不幸，应有昭告国人之遗命、遗诰、遗训，名称未定。稚晖说吾辈系平民主义，不应带帝王语气，还是‘遗嘱’为妥。原稿由吴稚晖起草，再三商榷修改才有了如今的《总理遗嘱》，汪精卫只不过是参与修改者之一，并非如史纪要所云：‘于是兆铭等申请总理预备对同志之遗言，由兆铭笔记’。"

于右任也曾多次提及孙中山遗嘱是吴稚晖起草的，并称遗嘱完成，吴稚晖"与有大力焉"（据罗平汉《吴稚晖别传》）后来国民党右派中有人说遗嘱是伪造的，国民党中央执行委员会开会时，邓泽如提出这个问题时，吴稚晖与他发生辩驳甚至对骂。邓泽如还在《顺天时报》撰文声称《总理遗嘱》是伪造的，一时闹得满城风雨。

吴稚晖为此专门写了《答邓家彦书》，其中说："就是那遗嘱，汪先生说：如何是联席会议讨论，如何推汪精卫属稿，皆是不错的"。哪为什么吴稚晖始终不肯说出真相呢？一则与他不重名利的性格有关，再则汪精卫本人都不加以澄清，自己更无须多事，事实上遗嘱是经过集体讨论修改的。

1925年3月，孙中山遗体由医院移至中央公园（今中山公园）社稷坛拜殿（今中山堂）公祭，吴稚晖为左绋执头界，显示着与死者超乎一般的关系。四年后，国民政府把孙中山遗体由北京香山移至南京中山陵安葬，吴稚晖是筹备"总理奉安"的五名委员之一；由此可见，吴稚晖在国民党中的地位绝非一般。而吴稚晖故里武进区各界，将于10月22日隆重举行“纪念辛亥革命100周年座谈会暨《吴稚晖法书集》赠书仪式”，（来源：2011年8月21日常州生活网）